穆罕默德·埃爾內尼出出道於阿赫利足球俱樂部的青年隊，隨後他轉會投奔了阿赫利在埃及聯賽的死敵莫卡伍倫俱樂部，在那裏他和穆罕默德·薩拉赫一起進入了球隊的一線隊，他同薩拉赫的關係親如兄弟。

　　巴塞爾

　　2013年1月埃爾內尼租借加盟瑞超班霸巴塞爾，自從加盟巴塞爾以來，埃爾內尼就成為了球隊的主力。2013年7月，埃爾內尼正式轉會巴塞爾。埃爾內尼在巴塞爾度過了三年職業生涯，聯賽出場超過90次，並連續三次贏得瑞士超級聯賽的冠軍。2015-16賽季上半段，他在巴塞爾的各項比賽中共出場28次，攻入6個進球。

　　阿森納

　　2016年1月14日，阿森納官方宣布正式簽下埃及中場埃爾內尼，據英國媒體的消息，這名球員的轉會費是500萬英鎊。埃爾內尼加盟阿森納後在後腰的位置上表現出色，並且在客場對陣巴塞羅那的歐冠1/8決賽中打入一粒精彩的遠射。

　　這位埃及國腳證明了自己不隻有出眾的遠射，還有勤奮的跑動和優秀的串聯能力。在阿森納官網投票中，埃爾內尼獲得了31.6%的選票，獲得俱樂部3月月度最佳球員的獎項。而在一個月之後，埃爾內尼又蟬聯了俱樂部4月月度最佳球員的獎項。

　　可是近兩個賽季以來由於阿森納引進了紮卡，埃爾內尼的出場時間受到影響，出場時間日趨減少，這也影響了他的場上發揮。

　　2017年7月7日，埃爾內尼打進了他在歐聯杯上的第一個進球。

　　2018年3月26日，埃爾內尼與阿森納續約。

　　2019年8月31日，以租借形式加盟貝西克塔斯，2020年8月，租期已滿回歸阿森納。

　　埃及國家隊

　　埃爾內尼曾代表埃及U20國家隊出征2011年哥倫比亞U20世界杯，埃及隊小組賽以淨勝球的劣勢不敵巴西隊小組第二晉級淘汰賽，1/8決賽被阿根廷隊淘汰出局，埃爾內尼4場比賽打滿了360分鍾。

　　2012年倫敦奧運會男足比賽，埃爾內尼入選埃及奧運代表隊，埃及代表隊小組賽第二名晉級淘汰賽，1/4決賽被日本代表隊淘汰出局，埃爾內尼4場比賽全部首發出場。

　　2017年非洲國家杯上，埃爾內尼率領的埃及隊闖進了決賽，在決賽中埃爾內尼打進一球，不過埃及隊還是以1-2不敵喀麥隆隊，痛失冠軍。

　　2018年6月，埃爾內尼入選2018年世界杯埃及大名單。