長春亞泰足球俱樂部成立於1996年，由吉林亞泰（集團）股份有限公司注資創建。在連續三年衝擊甲B失敗會後，1999年末，長春亞泰與八一超能合作，獲得翌年的甲B聯賽資格。2000年年底，長春亞泰與八一超能合作破裂，長春亞泰以1500萬元買斷八一超能。2001年，長春亞泰獲得甲B聯賽冠軍，但因涉嫌參與打假球，而被中國足協取消升級資格。2004年，成為中甲聯賽創始球隊之一。
2005年，長春亞泰獲得中甲亞軍並升入中超。2007年在高洪波的帶領下，長春亞泰獲得中超聯賽冠軍，也是隊史上首個頂級聯賽冠軍，成為繼大連實德、上海申花、山東魯能及深圳健力寶後，曆來第五支奪得中國頂級職業聯賽冠軍的球隊。
2018年球隊戰績不佳降入中甲，兩年之後再度奪得中甲冠軍，重新升入中超。
