南通支雲前身是2014年成立的廣西龍桂達。2015年底，俱樂部變更工商注冊，北遷江蘇南通，並更名為南通支雲足球俱樂部。2018年球隊拿到中乙亞軍，升入中甲。上賽季球隊名列中甲聯賽第5名。
球隊現任主帥為40歲的曹睿，球員時代一直效力於江蘇隊，退役後曾擔任過江蘇隊的助理教練，先後輔佐崔龍洙、卡佩羅、奧拉羅尤等名帥，並隨隊拿到了2020賽季中超冠軍。在上賽季中期，曹睿接替謝暉成為了南通支雲主教練。
南通支雲在上賽季的中甲聯賽中以20勝5平9負的戰績位列中甲第五，本賽季是被看好衝超的隊伍之一。球隊本賽季也提出了目標中甲冠軍，欲完成衝超任務。
南通支雲上輪1-0擊敗北京北體大，21輪過後仍保持16勝5平的不敗戰績，目前高居聯賽榜首。
南通支雲進攻犀利，21場比賽打進46球，是中甲目前為止進球最多的球隊。
南通支雲防守穩固，21場比賽僅丟9球，是中甲目前為止丟球最少的球隊。
外援科雷亞本賽季保持著穩健的優異狀態，聯賽中出場21次打進16球還送出4次助攻；另一位外援特拉奧雷出場21次打進8球並送出全隊最高的7次助攻。
南通支雲引進了毛裏塔尼亞邊鋒奧馬爾·卡馬拉作為球隊的第三外援，他在與四川九牛的比賽中完成首秀並打進處子球。