南通支雲前身是2014年成立的廣西龍桂達。2015年底，俱樂部變更工商注冊，北遷江蘇南通，並更名為南通支雲足球俱樂部。2018年球隊拿到中乙亞軍，升入中甲。上賽季球隊名列中甲聯賽第5名。
球隊現任主帥為40歲的曹睿，球員時代一直效力於江蘇隊，退役後曾擔任過江蘇隊的助理教練，先後輔佐崔龍洙、卡佩羅、奧拉羅尤等名帥，並隨隊拿到了2020賽季中超冠軍。在上賽季中期，曹睿接替謝暉成為了南通支雲主教練。
南通支雲在上賽季的中甲聯賽中以20勝5平9負的戰績位列中甲第五，本賽季是被看好衝超的隊伍之一。球隊本賽季也提出了目標中甲冠軍，欲完成衝超任務。
南通支雲的外援前鋒科雷亞本賽季狀態出色，打進5球並有2次助攻，在身後擁有組織核心特拉奧雷的條件下，南通支雲隊進攻打法相當立體。
南通支雲目前6勝2平保持不敗金身，位列中甲積分榜第2位。