尼科-科瓦奇作為克羅地亞的功勳老臣,在2009年從薩爾茨堡退役之後便開始了教練生涯,他先是擔任薩爾茨堡青年隊主教練,後來成為一線隊主力教練。2013年,科瓦奇受到祖國的邀請,成為克羅地亞U21國家隊主教練。不過由於克羅地亞在世界杯預選賽中表現不穩定,主帥斯馬蒂奇被解雇,年輕的科瓦奇被委以重任,擔任克羅地亞隊主帥,同時他的弟弟羅伯特-科瓦奇則擔任他的助手。
2016年3月8日,尼克-科瓦奇成為法蘭克福主帥,雙方簽約至2017年。2017/18賽季,科瓦奇帶領法蘭克福奪得了德國杯冠軍,決賽中他們戰勝了德甲霸主拜仁;
2018年4月13日,拜仁慕尼黑俱樂部官網宣布,科瓦奇將從7月1日起成為拜仁主帥,雙方簽訂了一份為期三年的合同。上任後他便帶領拜仁在2018德國超級杯中戰勝了老東家法蘭克福,奪得了加盟拜仁之後的第一個冠軍。